ממשלת ישראל בראשות אריק שרון החריבה את בית הכנסת כמה פעמים.
אחרי כל פעם נבנה בית הכנסת מחדש בכוחות משותפים של תושבי קרית ארבע חברון ותומכים מכל הארץ.
ב-כ"ג בתמוז תשמ"ד - יום השנה לרצח דוד כהן הי"ד, הגיע משפחתו לבית הכנסת ומצאה את החורבות שהשאירו שליחי ממשלת ישראל ואת תחילת הבנין המחודש.